L'équipage du Sophie a retrouvé sa galaxie d'origine mais il leur est impossible de revenir à leur vie d'avant. Leurs ennemis, les ombres, sont de partout et menacent l'existence même de toute l'humanité.
Mais alors qu'ils construisent une alliance dans le but d'anéantir ces êtres secrets, ils doivent louvoyer et s'accorder avec des créatures aux intentions troubles.
Menant leurs plans sur de nombreux front, sauront-ils aussi éviter le pire alors que des tensions commencent à naître entre Frank et Carlyle qui pensent chacun être le seul leader digne de mener cette guerre qui dure depuis des millénaires.