Le lendemain de leur emménagement, Coraline part en exploration...
Dans le nouvel appartement de la famille de Coraline, il y a vingt et une fenêtres et quatorze portes. Treize d'entre elles s'ouvrent et se ferment.
La quatorzième est verrouillée, et de l'autre côté, il n'y a qu'un mur de briques, jusqu'au jour où Coraline ouvre la porte pour trouver un passage vers un autre appartement dans une autre maison, tout comme la sienne.
Sauf que c'est différent.
Au début, les choses semblent merveilleuses dans l'autre appartement. La nourriture est meilleure. Le coffre à jouets est rempli d'anges mécaniques qui voltigent dans la chambre, de livres dont les images se tordent, rampent et scintillent, de petits crânes de dinosaures qui claquent des dents. Mais il y a une autre mère, un autre père, et ils veulent que Coraline reste avec eux et soit leur petite fille. Ils veulent la changer et ne jamais la laisser partir.
D'autres enfants sont également piégés là-bas, des âmes perdues derrière les miroirs. Coraline est leur seul espoir de sauvetage.
Elle devra se battre avec toute son intelligence et tous les outils qu'elle peut trouver si elle veut sauver les enfants perdus, sa vie ordinaire et elle-même.